Księgarnie to priorytetowy obszar działań w ramach programu Kraków Miasto Literatury UNESCO. Krakowskie Biuro Festiwalowe – operator programu KMLU znajduje się w stałym kontakcie ze środowiskiem księgarskim Krakowa, inicjując i koordynując działania związane z ochroną i rozwojem tradycyjnego księgarstwa oraz promocją księgarń jako centrów kultury. Od 2009 roku w Krakowie działa program wspierania przedsiębiorczości w zakresie branż chronionych i zanikających, uprawniający księgarzy i antykwariuszy do preferencyjnych czynszów w ramach lokali miejskich. To pierwsze tego typu rozwiązanie w Polsce, z którego na przestrzeni ostatnich lat skorzystało już kilka istniejących księgarni i antykwariatów.
Drugim – i równie kluczowym – instrumentem wsparcia jest uruchomiony w 2016 roku program wspierania działalności kulturalnej prowadzonej w księgarniach stacjonarnych funkcjonujących na obszarze Gminy Miejskiej Kraków. W ramach konkursu o udzielenie dotacji mogą ubiegać się organizacje pozarządowe, które wspólnie z księgarzami podejmują rozmaite inicjatywy kulturalne. Dotacja może być przeznaczona m.in. na pokrycie honorariów autorskich pisarzy i prowadzących spotkania, zapewnienie nagłośnienia i tłumaczenie spotkań, zakup materiałów na warsztaty itp. Program opiera się na prostym założeniu, że to sami księgarze wiedzą najlepiej, jak sprawić, by ich księgarnia tętniła życiem kulturalnym – potrzebują jedynie narzędzia wsparcia, które pozwoli im na realizację własnych planów. Dzięki programowi tylko w 2016 roku w 11 krakowskich księgarniach odbyło się przeszło 100 spotkań autorskich, dyskusji i debat, warsztatów i kameralnych koncertów, wystaw i projekcji filmowych.
Uzupełnieniem krakowskiego programu dla księgarń są takie inicjatywy, jak zainicjowana w 2017 roku akcja „Wybieramy księgarnie roku”, w wyniku której co roku 5 krakowskich księgarń otrzymuje Znak Jakości KMLU z prawem do własnej kampanii promocyjnej w przestrzeni publicznej i mediach, albo Krakowski Kiermasz Książki – cykliczny, kameralny targ organizowany w sezonie wiosenno-letnim na placu Św. Marii Magdaleny, w którym udział biorą antykwariusze i bukiniści z Krakowa i regionu.